コンテンツが更新された際、PDFのページが増減したため、登録していたメモが元のページとは別のページに表示されます。

作成されたメモは座標にて登録されているため、ページの削除や挿入等、ページ数に変更があったとしても、座標を基準として表示されます。

メモを移動させる方法は、以下マニュアルをご参照ください。
【Web】5.4 メモを付ける「▼メモを移動またはコピー」