Officeファイルでコンテンツ登録したところ、オーサリングで文字のフォントが別のものに置き変わってしまいます。

PDF変換を行っているサーバはOffice2010に対応しているフォントが登録されています。
それ以外のフォントを使用する場合は、フォント情報及びunicode情報を含むPDFを作成し、コンテンツの再登録を行って下さい。